仪琳小师妹与令狐冲最后终于修成正果。任盈盈与令狐冲成婚后，虽夫妻恩爱，情意相通，但还是中了华山派剑宗弟子封不平的奸计，以至任盈盈香消玉殒。
却说，这年暮春，草长花浓，正值令狐冲与任盈盈新婚燕尔，二人携手悄然而上华山，欲寻前辈隐世高人风清扬，准备叩谢其再造之恩。
然而，两人踏遍华山五峰三岭及各处幽谷，却始终不见风清扬的踪迹。华山绝顶，盈盈见令狐冲怏怏不乐，以良辰美景当前为由，提议夫妻二人共奏《笑傲江湖曲》。
岂料琴箫之音竟意外引来风清扬突然现身，这才得知，原来任我行突然暴毙居然是风清扬所为。
风清扬深知任我行戾气大炽，必会屠尽天下英雄。为了天下苍生，风清扬不惜用自己的三年阳寿，通过生基大法换取了任我行的三年阳寿，来消弥天下的血光之灾。
由于风清扬做了此等有违天意之事，到底还是惹了天怒，上天决定要收回其天命。
就算风清扬即将离世，心中还是放不下世间俗事，这才现身与二人相见。
原来，风清扬通过天象之法得知，令狐冲与任盈盈共结连理后，如果二人退隐江湖，天下必会还有一场血光之灾。
正当风清扬欲要说出是何种血光之灾时，突然汗流如注，全身抽搐。风清扬见天机不可泄露，只是望着任盈盈欲言又止，喟然叹息。
风清扬接着又道出自己心中所忧。当今武林，少林武当有数百年的根基，纵有风浪，也难撼动其根。日月神教虽被称为魔教，但教主向问天并非野心勃勃之人，日月神教也就大可令人放心。峨眉、昆仑诸派向来置身江湖凶波之外，倒也无甚可虑。
五岳剑派中，本以嵩山派最为强盛，但左冷禅一死，派中好手为争掌门之位，互相攻讦，以至嵩山派转眼间便四分五散。
衡山派掌门莫大先生看似游戏江湖，实则一副古道热肠。
泰山派天字辈中，只剩天柏一人，无奈其武功却难以服众。恒山派掌门仪清温柔敦厚，细心善良且又大局观极强。
五岳掌门五之去四，最让人放心不下的反倒是华山派。华山派自岳不群死后，掌门由令狐冲的四师弟施戴子继承。施戴子武功稀松平常，为人也中规中矩，但由于其并未拥有华山派掌门信符，以至掌门之位名不正言不顺。
华山派剑宗弟子封不平，志大才疏,不但想成为华山派掌门，更有妄念进而成为五岳剑派盟主，当其为令狐冲独孤九剑所败后，无奈归隐。
今岳不群被杀，封不平必将会卷土重来，并会以施戴子没有掌门信符为由，强夺掌门之位，如此一来，封不平就是第二个左冷禅、岳不群。
岳不群被仪琳误打误撞刺死当日，众人忙着去救恒山派弟子，以至掌门信符与《紫霞秘籍》遗落在其尸首之上。
风清扬悄然取得两个物件后，认为练气练剑本是一道，实乃各有所长，硬要分出孰主孰辅，其实已落下风，于是将《紫霞秘籍》毁去，然后将其数十年所悟与练气精要融为一体，另著《混元功》。
《混元功》第一章论述剑道，第二章记载的是练气的法门，第三章则是讲述气剑如何合一。扉页正中八个大字“前车之鉴，不可不记”，下有蝇头小楷，告诫华山派勿要再分气剑二宗，否则终难有所大成。
风清扬将两件东西交于令狐冲后，让其持掌门信符，前去接替施戴子掌门一职，至于以后之事，也就只能顺应天意而为。
说罢，风清扬面上祥和安宁，一代高人就此瞑目。二人不禁又是骇异又是悲伤，饶是令狐冲豪荡过人，也自哭出声来。
令狐冲和任盈盈将风清扬安葬于思过崖的石窟后，来到了华山派的正气堂，却见封不平坐在主位之上，以施戴子为首的三、四十之众，俱是面带忿然之色，手持长剑，将封不平围在当中。
封不平见令狐冲和盈盈陡然现身，面色大变，而众华山弟子均则是大喜过望。
令狐冲将风清扬欲将气剑二宗合二为一之事娓娓道出，并掏出华山派掌门信符，而任盈盈则展开连夜绘出的风清扬的画卷，众人见画上仙风道骨的风清扬，纷纷跪拜。封不平虽有不愿，也不得不随众而为。
众人见令狐冲重回华山派，并执掌掌门之位，自是高兴不已。而封不平见大势已去，以闲云野鹤惯了为名，率领自己名下弟子匆匆离去。
由于令狐冲与任盈盈在杭州梅庄拜堂成亲，众人未去参加，华山派决定重摆筵席，再次祝福二人结为秦晋之好。
华山之巅，正气堂内,花团锦簇,一派洋洋喜气。就在众人推杯换盏，觥筹交错，共同祝福红袍于身的令狐冲与任盈盈之时，只听“轰”的一声，正气堂的屋顶轰然坠落。
紧接着一股炽热的波浪，伴随着惊天动地的巨响，滚滚浓烟腾空而起。
正气堂的墙体接连不断地坍塌，碎裂的泥土、木头如同流星雨般纷纷坠落，毫不留情地砸向了仓皇逃窜的人群，霎时间血光四溅，华山派上下已死伤过半。
就在此时，数十名身着蓝衫，头戴面具的剑客飞奔而入，将尚有一息的华山之众悉数杀尽。
大为惊骇的令狐冲，顾不得自己身上的伤，从地下血泊中拾起一柄长剑，刷刷数剑，都剌在蒙面蓝衫人的胸口，但听呼号之声不绝于耳，一众蒙面蓝衫人缓缓倒地。
就在令狐冲准备寻找任盈盈之时，一蒙面青衫老者的剑锋已到，一剑快似一剑，有如狂风巨浪一般，并且剑锋的劲气极其寒凛。
在这如雷雳，如电闪的快招攻击之下，令狐冲疾步退让，竟退出数十步之远。令狐冲看出对方破绽在右腋之上，于是斜斜剌将过去，一声尖叫，声音中充满了又惊又怒，又是绝望之意，紧接着，便是噗的一声，令狐冲的长剑已插入他的胸口。
令狐冲揭开蒙面老者的面具，自是那心比天高封不平。
待到令狐冲找到任盈盈，盈盈早已香消玉殒。令狐冲强忍眼中之泪，却不能忍住悲伤，不知不觉中泪已成行。
正气堂上火光冲天，直把半个华山照得通明。当令狐冲抱着任盈盈缓缓走出残垣断壁的大堂时，一位年约八、九岁的小男孩在殿外淡然望着令狐冲。
原来这个小孩名叫穆人清，乃是施戴子的徒孙。当时穆人清忽见两颗流星一前一后划破夜空，出屋而看才躲过一劫。
令狐冲淡然一笑，将华山派掌门信符、盈盈为风清扬画的画卷、及武学至宝《混元功》递给穆人清，并告知其浩劫已过，华山派只留其一人，望其好好保管这些华山派至宝，将来光大华山。
令狐冲将盈盈葬于思过崖后，心中已有不想独活之意，意欲追随爱妻共赴*泉。
浑浑噩噩数日后，令狐冲正欲跳下思过崖，却被疾奔而来的田伯光所拦。
田伯光怒斥令狐冲，斯人已去，念此茫茫，只会徒增悲伤。这世间还有很多美好，朝晨簇新的阳光，春天新生的泥土，深巷青瓦的梅花，还有天真无邪、心地纯洁，对其铭心刻骨相思的仪琳小师妹。
令狐冲为任盈盈守孝三年，还俗的仪琳陪了令狐冲整整三年。这年早春，细雨如丝，仪琳小师妹与令狐冲终于旧情缱绻，鸳梦重温，走到了一起。
令狐冲不想待在这伤心之地，于是携仪琳小师妹远赴东海蟠龙岛，自此，令狐冲与仪琳杳无音信，不知所终。